Sadržaj i aktivnost mikroorganizama u zemljištu značajan je činilac njegove plodnosti. U zemljištu su prisutni brojni mikroorganizmi naročito iz 
grupe bakterija i gljiva. Pored korisnih mikroorganizama u zemljištu se mogu naći i štetni, najčešće su to organizmi iz grupe nematoda. Korisni mikroorganizmi razgrađuju organsku materiju u zemljištu pri čemu je čine pristupačnom za vinovu lozu i doprinose povećanju plodnosti zemljišta.
Veća količina mikroorganizama u zemljištu poboljšava i fizičke osobine zemljišta čineći ga poroznijim. Korisni mikroorganizmi razlažu i izlučevine korenovog sistema vinove loze i odumrele delove korena. Štetni mikroorganizmi troše izvesne količine potrebnih elemenata, a javljaju se i kao prenosioci različitih viroznih oboljenja. Đubrenje zemljišta većim dozama stajnjaka i drugih organskih đubriva doprinosi bogatstvu korisnih mikroorganizama. Sem toga zemljištu se mogu dodavati i mikrobiološka đubriva u kojima se nalaze veće količine bakterija (fosfobakterin i dr.) čime se poboljšava sadržaj korisnih mikroorganizama u zemljištu.
Primena mineralnih đubriva izaziva sniženje brojnosti amonifikatora, Nasuprot tome ista đubriva utiču na povećanje proteinazne aktivnosti. Oraganska đubriva zapravo leče zemljišta koja su upropašćena nekontrolisanom upotrebom veštačkih đubriva. Poznata je činjenica da upotrebom veštačkih đubriva zemljište postaje kiselo, ispošćeno i teže je za obradu. Mikroorganizmi su zaslužni za bržu razgradnju mineralnih đubriva i drugih materija koje se nalaze u zemljištu i time biljkama omogućuju lakše usvajanje makro i mikro-elemenata.